Un décret du Pape Léon XIII, daté du 20 juillet 1892, mandait à Rome, pour le 1er octobre, les supérieurs des maisons des Observances de Westmalle (Belgique), Sept-Fons, Melleray et Casamari (Italie), afin d’y tenir chapitre général en vue d’aboutir à la fusion. La congrégation de Casamari, dépendant directement du Saint Siège, n’était représentée que par trois supérieurs, et ne prit pas part aux votes, souhaitant garder son autonomie. Les trois autres congrégations décidèrent, à une très grande majorité de la création de l’Ordre des Cisterciens Réformés de Notre Dame de La Trappe, avec comme supérieur un Abbé Général qui résiderait à Rome.
Suivit l’élection de l’Abbé Général. Le choix des capitulants se porta tout naturellement sur l’un des trois Vicaires Généraux, et Dom Sébastien Wyart fut élu à une bonne majorité des 51 votants.
Les premières années de son supériorat, Dom Sébastien dut organiser le travail de rédaction des Constitutions de l’Ordre nouvellement créé, puis la rédaction des usages cisterciens pour les communautés. Le décret d’approbation des Constitutions fut publié le 25 août 1894.
Afin d’avoir une abbaye comme lieu de vie de l’Abbé Général, à Rome, Dom Sébastien entreprit de racheter à l’Etat Italien le monastère cistercien jouxtant la basilique de la Sainte Croix de Jérusalem. Le projet ne put aboutir, après plus de deux ans de négociations avec le pouvoir politique.
C’est à ce moment que l’Abbaye de Cîteaux fut mise à disposition des cisterciens le 22 août 1898. Une communauté fut créée en demandant aux différentes maisons de l’Ordre d’envoyer des religieux. Dom Sébastien reçut ainsi le titre d’Abbé de Cîteaux en tant qu’Abbé Général.
Quoique les six dernières années de son généralat eussent été marquées par la souffrance, au physique comme au moral, Dom Sébastien sut garder jusqu’au bout le même calme souriant et mettre au service de l’Ordre et de l’Eglise le prestige de ses influences autant que sa parfaite abnégation. Enfin, usé par des crises répétées de diabète, il suivit de peu le pape Léon XIII dans la tombe, le 18 août 1904, dans la soixante-cinquième année de son âge dont trente de profession et vingt-et-un d’abbatiat. Son corps repose au cimetière de l’abbaye des Trois Fontaines à Rome.
Pour avoir la biographie complète de Dom Sébastien :
Frère Sébastien, jusqu’à sa nomination comme Prieur du Mont des Cats.
Frère Sébastien à Rome : l’avis de Pie IX sur sa vocation.
Dom Sébastien, abbé du Mont des Cats.
Dom Sébastien, abbé de Sept-Fons.
Dom Sébastien, abbé général.